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1进化生物学1

什么是进化？1

达尔文之前3

达尔文5

达尔文的进化理论6

哲学问题8

伦理、宗教与进化9

达尔文之后的进化理论10

综合进化论10

进化的基本原则11

综合进化论之后的进化生物学12

如何研究进化13

进化是事实也是理论14

2生命之树：分类和系统发生19

分类20

推断系统发生史24

系统发生树24

用于系统发生推断的数据27

推断系统发生：最大简约法29

DNA序列的简约性分析：一个案例32

系统发生分析的统计学方法34

评估系统发生假说37

分歧时间估计39

基因树和物种树42

水平基因转移42

不完全谱系分选43

系统发生分析的其他事项45

系统发生学的应用和扩展46

3演化式样51

对特征演化历史的推断51

以分类学为依据推测而来的一些演化式样53

生物体的大多数特征都从早先存在的祖先特征演化而来54

同塑性很常见55

特征演化的速率不同59

演化往往逐步进行60

外形改变往往与功能改变相关62

物种之间的相似性随个体发生而改变62

发育和形态演化63

个性化63

异时发生63

异速生长65

异位发生65

复杂度的增加和减少66

系统发生分析揭示了物种演化的趋势67

许多分支都有适应辐射演化的现象69

基因和基因组的演化模式70

趋同演化70

基因组大小71

重复基因与基因组73

4化石记录中的进化77

地质学基础77

板块构造77

地质时期78

地质年代表79

化石记录79

种内的进化改变81

高阶元分类群的起源82

人族化石记录89

系统发生和化石记录94

进化趋势94

间断平衡95

演化速率98

5地球上生命的历史101

生命的历史格局101

生命出现之前101

生命出现102

前寒武纪的生命104

古生代生命：寒武纪大爆发108

古生代生命：奥陶纪至泥盆纪110

海洋生物110

陆地生物111

古生代生命：石炭纪和二叠纪113

陆地生物113

二叠纪末期大灭绝114

中生代生命114

海洋生命116

陆地植物和节肢动物116

脊椎动物118

新生代120

水生生物121

陆地生物121

哺乳动物的适应辐射122

更新世事件124

6演化的地理学131

演化的生物地理学证据131

分布的主要式样133

影响地理分布的历史因素134

检验历史生物地理学的假设137

历史生物地理学的分析举例138

区域性生物群的组成142

谱系地理学142

更新世种群变迁143

现代人起源144

地理分布的界限：生态和演化148

生态位148

范围的局限性：一个演化的问题150

地理分布式样多样性的演化150

群落趋同150

历史对分布式样多样性的影响152

7生物多样性及其进化157

生物多样性变化的估测与建模157

多样性变化速率建模157

化石记录中的多样性159

多样性的系统发生研究160

显生宙内的生物多样性与差异162

生成与灭绝的速率165

随着谱系存续时间的推移，灭绝速率会变化吗？

灭绝的原因167

大灭绝168

多样化过程171

物种的多样性会达到平衡吗？171

为什么某些类型的生物比其他类型更为多样化？

生物特性对分化的影响176

适应辐射177

影响多样性的其他因素179

8遗传变异的起源183

基因和基因组183

突变：概述186

突变的种类187

突变的实例190

突变率191

突变的表型效应195

突变对适合度的影响198

突变的限制200

突变是一种随机过程201

核型的改变202

多倍化203

染色体重排203

9变异：进化的基础211

表型变异的来源212

变异的遗传和环境来源212

非遗传性传承的变异214

了解进化：遗传变异的基本原理216

等位基因和基因型频率：哈迪—温伯格定律217

示例：人类MN基因座218

哈迪一温伯格定律的意义：进化的各种因素220

等位基因、基因型及表型的频率221

近亲交配221

自然种群中的遗传变异：单个基因223

形态和生存力223

近交衰退225

分子水平的遗传变异226

自然种群的遗传变异：多基因座228

连锁和连锁不平衡228

数量性状变异232

种群间变异237

地理变异的模式237

基因流240

种群间等位基因频率的差异241

人类遗传变异241

10遗传漂变：随机进化249

进化中的随机过程249

遗传漂变理论250

遗传漂变即为取样误差250

溯祖251

等位基因频率的随机波动252

遗传漂变下的进化254

有效种群大小255

奠基者效应257

现实种群中的遗传漂变258

分子进化的中性理论260

中性理论的原理261

中性理论所获得的支持263

再论分子钟264

基因流和遗传漂变265

基因树和种群历史267

再论现代智人的起源268

11自然选择和适应273

现实中适应的实例273

自然选择的本质276

设计和机制276

自然选择的定义276

自然选择与偶然性277

实物选择和属性选择278

环境是否有效取决于生物279

自然选择的例子279

演化实验280

雄性生殖成功率281

群选择282

亲缘选择283

自私的遗传元件284

选择的层次285

个体和种群的选择286

物种选择287

适应的本质288

适应的定义288

认识适应289

对适应性演化的观察293

自然选择和适应所不具备的特性295

适应的必然性295

完美296

进步296

自然的和谐与平衡296

道德和伦理297

12自然选择的遗传理论299

适合度300

自然选择的模式300

定义适合度301

适合度的要素302

选择的模式303

定向选择305

天然种群中的有害等位基因308

平衡选择维持的多态性310

杂合子优势311

各种拮抗选择312

依频选择313

进化改变的多重结果317

正向依频选择317

杂合子劣势318

适应景观318

选择和遗传漂变间的相互作用319

自然选择的强度320

自然选择的分子证据322

依据地理变异来检测选择322

选择的检验：种内变异和种间变异323

基于DNA序列来检测选择：理论期望324

选择的分子印记327

人类基因组的适应性进化330

适应性：起因于新变异还是现存变异331

13表型进化335

表型性状的遗传架构335

表型变异的组分338

遗传漂变驱动的数量性状进化341

数量性状的选择342

对定向选择的响应342

对人工选择的响应343

自然种群的方向性选择344

稳定化选择和分裂选择346

数量性状的关联性演化347

关联性选择347

遗传相关348

遗传相关如何影响演化349

遗传学可以预测长期进化吗？350

反应规范352

渠限化352

表型可塑性353

变异性的进化354

适应与制约358

遗传制约与适应358

适应可以拯救物种的灭绝吗？359

14生活史进化365

个体选择和种群选择367

最优表型建模367

作为适合度组分的生活史性状370

生殖力，单次生殖和多次生殖370

年龄结构和生殖成效371

权衡373

生活史性状的演化375

寿命和衰老375

生殖年龄时间表375

后代的数量和大小377

生活史和交配策略379

增长率的演化380

15性与繁殖成效385

突变率的进化385

有性生殖与无性生殖386

性的悖论387

重组和性的利与弊387

性与重组优势的假说389

性别比与性分配392

近交与远交395

性选择的概念396

雄性间和精子间的竞争397

通过配偶选择达到性选择399

配偶选择的直接利益399

没有直接利益的配偶选择400

性选择主题的变化405

16冲突与合作411

冲突建模411

社会交往互动与合作413

没有亲缘关系的个体间的合作414

通过共享基因的利他行为进化417

合作和冲突的舞台：家庭420

交配制度和亲代照料420

杀婴、堕胎、同胞竞争和残杀同胞423

亲子冲突424

真社会性424

亲缘选择还是类群选择？426

遗传冲突427

细胞质遗传427

减数分裂驱动429

分离后致畸者429

转座因子430

亲本基因组间的冲突431

寄生物、共生生物、个体、组织水平431

人类行为与人类社会433

人类行为的进化研究434

文化进化以及基因—文化共进化437

……

17物种443

18物种形成465

19物种间相互作用的进化495

20基因和基因组的进化519

21进化和发育547

22宏进化：物种水平之上的进化585

23演化科学、神创论和社会609

术语汇编635

图片版权说明653

参考文献

索引

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